Direktorat Jenderal Hortikultura ditetapkan dengan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 9 Tahun 2005 dan Peraturan Presiden Republik Indonesia Nomor 10 Tahun 2005.

Dalam Permentan No 02 Tahun 2025 tentang Organisasi dan Tata Kementerian Pertanian bahwasanya Direktorat Jenderal Hortikultura mempunyai tugas menyelenggarakan perumusan dan pelaksanaan kebijakan di bidang peningkatan produksi komoditas hortikultura dan hilirisasi hasil hortikultura.

Dalam perkembangannya Direktorat Jenderal Hortikultura mengalami reorganisasi sebanyak 9 kali hingga sampai penetapan saat ini.

Direktorat Jenderal Hortikultura terdiri atas:
a. Sekretariat Direktorat Jenderal;
b. Direktorat Perbenihan Hortikultura;
c. Direktorat Buah dan Florikultura;
d. Direktorat Sayuran dan Tanaman Obat;
e. Direktorat Pelindungan Hortikultura; dan
f. Direktorat Hilirisasi Hasil Hortikultura.